Sinopse: O anime conta a história de uma escola fictícia chamada Shibusen, localizada no estado americano de Nevada, criada para eliminar os Ovos de Kishins, que são seres que usam a alma de humanos (em geral devorando-as) para se tornarem mais poderosos, e as bruxas que vivem aterrorizando o mundo. Geralmente bruxas são muito poderosas. Os encarregados de eliminar esses seres são os artesãos, que além de eliminar os Kishins, devem ajudar suas armas a se tornarem Death Scythes (armas da morte), para o Shinigami-Sama (Diretor e criador da Shibusen) usar como sua própria arma. Os artesãos devem fazer suas armas devorarem 99 Ovos de Kishin e uma alma de bruxa para serem foices da morte. O anime tem início com 3 prólogos, onde cada um conta a história dos personagens principais: Maka Albarn (artesã de foice) e Soul Eater (foice demonica, parceiro da Maka);Black Star (artesão assassino) e Tsubaki Nakatsukasa (arma de Black Star, pode se transformar em diversas armas diferentes); e Death the Kid (filho do Shinigami-sama. Artesão) e Patty Thompson e Liz Thompson (armas de Death the Kid, transformam-se em pistolas). Apesar do anime ter acabado, o manga continua (estes tomam rumos diferentes).